Предложил решение здесь: https://github.com/hflabs/suggestions-jquery/pull/7

Вот так: http://codepen.io/TheFinesse/pen/oWaogG?editors=1010 (изменена только 9-я строка JS-кода). Но это решение не идеальное, потому что в поле для ввода города становится не пустым, а в нём появляется пробел.

Ребята, у вас по-ходу где-то ошибка, потому что судя по коду функции formatCity ваш пример так и задуман. Проблема в том, что в случае города федерального значения функция formatCity возвращает null, плагин игнорирует возвращённое значение и подставляет название города.