ReadTimeout: The read operation timed out

Далее наблюдается одна и та же картина
около 7 тыс запросов и разные ошибки.

Были:

ConnectTimeout: _ssl.c:980: The handshake operation timed out

RemoteProtocolError: Server disconnected without sending a response.

Если они все связаны с "таймаут в 3 секунды", возможно ли этот параметр настроить отдельно

Кажется нашел, что дело в ограничении: 20 запросов в минуту

Ограничения в 20 запросов в минуту не существует. Ошибка ConnectTimeout не связана с таймаутом на чтение данных — здесь причина скорее в сети.

Убедитесь, что вы не создаете экземпляр Dadata на каждый запрос, а создали один экземпляр в начале и дальше переиспользуете его.

Можете попробовать обрабатывать исключения и повторять запрос (если таких исключений немного). Если много — имеет смысл разбираться с сетью (работа фаервола, прокси, нестабильный интернет, и так далее).

Работаю внутри

with Dadata(token, secret) as dadata:

Пробовал запускать через исключение

try:
js = dadata.clean(name='address', source=adres)
except (RemoteProtocolError, ReadTimeout, ConnectTimeout):
time.sleep(30)
js = dadata.clean(name='address', source=adres)

но в такой форме хоть и дает отработать больше запросов, но все равно потом ругается, что не знает имени "RemoteProtocolError", хотя сам ранее выдавал такую ошибку.

не знает имени "RemoteProtocolError"

Это проблема в вашем Python-коде. Скорее всего, не импортировали соответствующий класс.

Ок